Idealizado por Newton Aronis, César Bastos e Lores Meller o CEP teve uma pré-história, foi fundado em 1984, enquanto CEPP, Centro de Estudos e Pesquisa em Psicoterapias.

A primeira turma foi selecionada em 1984 e iniciou-se em 1985, no CEAPPIA (Centro de Estudos, Atendimento e Pesquisa da Infância e Adolescência) que albergou a fundação do CEP até a constituição de sua personalidade jurídica e sua primeira sede a rua Tobias da Silva, 304, que se deu no mesmo ano.

Em 1989, dá-se a renomeação para CEP e a refundação. Foram fundadores do CEP, cuja ata foi constituída em 1991: Newton Aronis, César Bastos, Lores Meller, Abraham Turkenicz, Abrão Slavutzky, Ana Rosa Trachtenberg, Carlos Eduardo Carrion de Oliveira, David Zimerman, Dorothea Francischelli, Gildo Katz, Izolina Fanzeres, João Pedro Barros Cassal, Julio Campos, Jussara Cardona Machado, Leonardo Adalberto Francischelli, Luiz Gonzaga Brancher, Luis Marcirio Machado, Marco Aurelio Rosa, Renato Trachtenberg, Roaldo Machado, Sergio Emilio Aquaviva e Theobaldo Thomaz. É preciso fazer menção ao trabalho de José Zimerman, o Tuti, que ativamente participou da elaboração do novo estatuto, mas que infelizmente não estava mais presente à época de sua aprovação.

O CEP, desde seu início, tivera na sua diretoria César Bastos como Diretor Administrativo, Lores Meller como Diretor Científico e de Seleção e Newton Aronis como Diretor de Ensino.

A primeira diretoria eleita do CEP foi constituída em 1991 por: Presidente: Newton Aronis, Secretário: Renato Trachtenberg, Tesoureiro: Lores Meller, Diretor da Escola Psicanalítica: Leonardo Fracischelli, Diretor de Ambulatório: César Bastos, Diretor Científico: Dorothea Francischelli, Diretor de Biblioteca e Publicações: João Pedro Barros Cassal, Diretor de Informática e Administraçao: Luis Marcirio Machado, Diretor do Conselho Deliberativo: Roaldo Machado.

Em 1998 o CEP filiou-se, sendo membro fundador, da Federação Latino-americana de Associações de Psicoterapia Psicanalítica e Psicanálise, FLAPPSIP, que congrega sociedades da Argentina, Chile, Peru e Uruguai.

O CEP encontra-se, neste momento em 2021, com 309 membros ativos.